FIFA desató una controversia al publicar en su sitio oficial una lista de campeones mundiales de clubes, en la que inicialmente no se reconocían los títulos de Boca Juniors en 2000 y 2003, obtenidos tras vencer al Real Madrid y al Milan, respectivamente. Este hecho generó una fuerte reacción en las redes sociales, especialmente entre los hinchas de Boca, que consideraron una injusticia la omisión de estos logros históricos.
La Copa Intercontinental, disputada entre 1960 y 2004, enfrentaba al campeón de América (Conmebol) con el campeón de Europa (UEFA), y fue reemplazada por el Mundial de Clubes en 2005. FIFA, en un primer momento, había catalogado los títulos de 2000 a 2004 como “vacantes”. Sin embargo, tras horas de reclamos, la entidad rectificó su postura y volvió a incluir a Boca en la lista de campeones mundiales.
En 2017, FIFA aprobó una moción que reconocía como campeones del mundo a los equipos europeos y sudamericanos que habían ganado la Copa Intercontinental entre 1960 y 2004. Esta corrección también incluyó a Bayern Múnich (2001), Real Madrid (2002), Porto (2004), y a Boca Juniors por sus dos títulos en 2000 y 2003.
La rectificación de FIFA calmó las aguas entre los hinchas boquenses, quienes valoraron el reconocimiento de los históricos títulos del club en la élite del fútbol mundial.